La detención de Miguel Ángel, se ocasiona por una petición de captura y extradición de Colombia a las autoridades mexicanas. La solicitud fue acogida por el gobierno del país centroamericano, que procedió a esperar a que Miguel Ángel se presentara el 22 de mayo para solicitar una prorroga de su visa, para continuar con sus estudios pos doctorales, y notificarle que estaba acusado de ”conductas delictivas en el extranjero”. Inmediatamente procedieron a arrestarlo, y se vió poco tiempo después enfermo y volando hacia Colombia, esposado y con una capucha en su cabeza.

A su llegada a Colombia, las autoridades colombianas lo pusieron a disposición del juez de garantías, que no vió problema en la forma como fue detenido, y procedió a realizar las audiencias cuando Miguel Ángel estaba enfermo e incapacitado por los médicos que le recibieron en el aeropuerto, además, aceptó las pruebas que la fiscalía presenta y que provienen del computador que sobrevivió el bombardeo en donde murió Raúl Reyes en Ecuador. De esta manera, el juicio busca determinar si Miguel Ángel Beltrán es o no alias Jaime Cienfuegos, según la fiscalía, miembro del frente internacional de las FARC, con quien Raúl Reyes tenía contacto.

De igual manera ha procedido el juez de segunda instancia de control de garantías y el juez de conocimiento, juez al que la defensa le presento siete nulidades que anularían el proceso que se le seguía a Miguel Ángel Beltrán. Entre las acciones que invalidarían el proceso, se encuentra la tortura, crimen de lesa humanidad que sufrió el profesor Miguel Ángel al momento de su detención y extradición irregular a Colombia; otros motivos de nulidad son: las faltas al debido proceso, como obligar a Miguel Ángel a presentarse enfermo a las audiencias, pasando por encima de la valoración médica que le incapacito varios días, y aceptar pruebas aportadas por la fiscalía en las que ha habido irregularidades en la cadena de custodia. Sin embargo, todas los argumentos han sido negados y de acuerdo a Gustavo Gallardo, abogado defensor de Miguel Ángel, los jueces han omitido su labor constitucional de defensa y protección de derechos elementales y expresa consternación al describir como se lleva el caso: la segunda instancia de la juez especializada de Bogotá negó las siete nulidades de un día para otro, cuando este tipo de decisiones se notifican pasados quince o treinta días después de presentadas por el estudio que requieren.

En este momento, el proceso esta en manos del Juzgado Cuarto de Descongestión de Bogotá, que ha incluido en el juicio a supuestas víctimas de Miguel Ángel. Las personas que vienen de Medellín y dicen ser victimas del profesor, se presentan como miembros de la Asociación de Victimas de la Guerrilla Colombiana, y son representados por Jaime Arturo Restrepo Restrepo, que plantea que estas personas al ser victimas de las FARC, son víctimas de Miguel Ángel por estar acusadode ser alias Jaime Cienfuegos. La inclusión de estas personas en el juicio, para la familia de Miguel Ángel, es otra de las razones para exigir claridad en el juicio y que se respeten los derechos constitucionales del acusado.

Para la familia también ha sido difícil la acusación que se le hace a Miguel Ángel, y expresan que sienten impotencia y miedo desde que fue detenido, y no solo por la captura y proceso del padre, hijo y hermano; también han sufrido hostigamientos y amedrentamientos mediante seguimientos, acoso y la intervención de los teléfonos celulares y fijos. De esta manera, han soportado como personas toman fotos de la casa y que desde que fue detenido, indigentes duerman al frente de la casa de la familia; a tal punto han llegado los atropellos, que le esta siendo negada el tomar una beca ganada previamente en España, a un familiar que no tiene ningún grado de consaguinidad con Miguel Ángel. De igual manera, han tenido que soportar correos intimidatorios y que en Facebook hayan sido injuriados y amenazados de muerte.

Las últimas afrentas que han tenido que superar, son las acusaciones de las que son objeto por parte de las supuestas víctimas de Beltrán, y denuncian que los miembros de la Asociación de Víctimas de la Guerrilla Colombiana, presentes en las audiencias, acusan a familiares de Miguel Ángel de ser guerrilleros. Sin embargo, las acciones de esta asociación van más allá, de acuerdo a miembros del movimiento en solidaridad con el profesor Beltrán, las supuestas víctimas, acusan a los observadores internacionales, Brigadas de Paz, PBI, de ser auxiliadores de la guerrilla en el Urabá.  Además, organizaciones sociales temen que los miembros de dicha asociación, sean reinsertados bajo la dirección de Jaime Arturo Restrepo Restrepo, y que en las audiencias, sean un tipo de cuerpo de choque contra el Movimiento de Solidaridad con Miguel Ángel Beltrán.

El abogado defensor de Miguel Ángel asegura que su defendido entiende el proceso y juicio que enfrenta como una persecución política y que a pesar de ser acusado y tratado como prisionero de máxima seguridad, gestionó y logró que se abriera una biblioteca en el pabellón de máxima seguridad de la cárcel nacional Modelo, antes de ser trasladado de manera imprevista al pabellón de máxima seguridad de la cárcel Picota.

Para los familiares, amigos y allegados a Miguel Ángel, el profesor es un académico excelente y un critico del establecimiento, y aseguran que el profesor es una victima del gobierno, que en cabeza de Álvaro Uribe, ha convertido en delito estar en oposición académica, intelectual, política y civil al Estado y a la Seguridad Democrática.